Ngày 5/1/2022, chuyến bay VN5311 sử dụng tàu bay B787-868 có lịch trình từ Narita - Nhật Bản về Hà Nội (NRT-HAN), khởi hành lúc 10h30 (giờ địa phương) gồm 15 thành viên tổ bay (12 tiếp viên và 3 phi công), trong đó có 2 cơ trưởng cùng 47 hành khách.
Khoảng 11h10 (giờ địa phương), Chi nhánh VNA tại Nhật Bản nhận được 1 cuộc điện thoại từ 1 đối tượng giọng nam giới tự xưng là người Mỹ, nói tiếng Nhật, với nội dung: “Chuyến bay VN5311 tốt nhất là quay lại Narita, nếu không sẽ bị bắn hạ khi bay qua Vịnh Tokyo”.
Một máy bay của hãng Vietnam Airline.
Khi được hỏi lại, người đàn ông trả lời: “Tôi đang chuẩn bị bắn VN5311 khi bay qua Vịnh Tokyo, tốt nhất nên quay lại”.
Thời điểm này, máy bay của VNA đã bay được khoảng 40 phút và chuẩn bị bay qua Vịnh Tokyo.
Trước tình huống khẩn cấp trên, Chi nhánh VNA tại Nhật Bản đã báo cáo vụ việc về Tổng công ty Hàng không Việt Nam. Tổng công ty đã báo cáo vụ việc cho Nhà chức trách Nhật Bản, Cục Hàng không Việt Nam và các cơ quan chức năng của Bộ Công an, đồng thời triệu tập cuộc họp của Ủy ban Khẩn nguy và Tiểu ban chỉ đạo phòng chống khủng bố của Tổng công ty Hàng không Việt Nam.
Trên cơ sở báo cáo của Tổng công ty Hàng không Việt Nam, Cục Hàng không Việt Nam đã báo cáo Bộ trưởng Bộ Giao thông Vận tải (GTVT), Phó Thủ tướng thường trực Phạm Bình Minh - Chủ tịch Ủy ban An ninh hàng không dân dụng quốc gia.
Sau khi được sự đồng ý của Phó Thủ tướng thường trực Phạm Bình Minh và Bộ trưởng Bộ GTVT, Cục trưởng Cục Hàng không Việt Nam đã chỉ đạo VNA xin phép Nhà chức trách hàng không Nhật Bản chuyển hướng tàu bay hạ cánh xuống sân bay Fukuoka, Nhật Bản.
Khoảng 13h02 (giờ địa phương), chuyến bay VN5311 hạ cánh an toàn xuống sân bay Fukuoka.
Nhà chức trách và Cảnh sát sân bay Fukuoka đã lên tàu bay kiểm tra và làm các thủ tục cần thiết, đánh giá an toàn bay trong khoảng 2 giờ đồng hồ.
Khoảng 14h30 (giờ địa phương), sau khi xác định chuyến bay an toàn, không có dấu hiệu bất thường, Nhà chức trách và Cảnh sát sân bay Fukuoka đã thông báo cho phép chuyến bay VN5311 khởi hành về Hà Nội.
Tổng công ty Hàng không Việt Nam đã báo cáo Cục Hàng không Việt Nam và quyết định cho chuyến bay VN5311 khởi hành lúc 15h48 (giờ địa phương) từ sân bay Fukuoka tiếp tục hành trình về Hà Nội.
Vào lúc 18h12 (giờ Việt Nam) ngày 5/1/2022, chuyến bay VN5311 đã hạ cánh an toàn xuống Cảng hàng không quốc tế Nội Bài.
Cục Hàng không Việt Nam đã chỉ đạo Tổng công ty Hàng không Việt Nam kịp thời triển khai quy trình ứng phó khẩn nguy an ninh để xử lý vụ việc theo đúng quy định, bảo đảm an toàn cho chuyến bay.
Cục Hàng không Việt Nam cũng đã báo cáo các cơ quan có thẩm quyền để phối hợp với các Nhà chức trách liên quan của phía Nhật Bản để điều tra, lảm rõ vụ việc.